Madson Allan de Luna Aragão

Bioinformata, cientista de dados em saúde, analista de P&D e gerente de produto

Currículo em PDF

01Sobre

Sou doutorando em Bioinformática na Universidade Federal de Minas Gerais, onde trabalho com engenharia de software, aprendizado de máquina, ômicas, biologia estrutural e quimioinformática. A pesquisa aplica algoritmos de aprendizado profundo, com foco em modelos generativos, para caracterizar e desenhar peptídeos antimicrobianos inspirados no sistema imune de organismos diversos, com o objetivo de gerar candidatos terapêuticos contra a resistência antimicrobiana por métodos in silico escaláveis.

Sou Nextflow Ambassador, especialista em Ciência de Dados e Analytics pela PUC-Rio e aluno de MBA em Engenharia de Software na USP. Essa combinação cobre análise de dados, fluxos de trabalho reprodutíveis, aprendizado de máquina, governança de dados e arquitetura de software.

No mestrado em Genética e Biologia Molecular pela UFPE desenvolvi o AMPidentifier, ferramenta automatizada baseada em aprendizado de máquina que identifica sequências antimicrobianas em dados genômicos e proteômicos. Antes disso, me formei em Biomedicina pela UFPE, com ênfase em Bioinformática e Patologia Clínica, com estágios em hospital, em laboratórios de biologia molecular e em centros de pesquisa.

02Experiência

Pesquisador, doutorando

ago 2024 até o presente

Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)

Doutorado em Bioinformática com foco em aprendizado profundo, genômica e biologia estrutural, aplicados à caracterização e ao desenho de peptídeos antimicrobianos. O trabalho inclui modelos computacionais de interação com membranas e simulações de dinâmica molecular para avaliar estabilidade e função dos peptídeos.

Nextflow Ambassador

jan 2026 até o presente

Seqera

Selecionado como embaixador do Nextflow para difundir fluxos de análise de dados escaláveis e reprodutíveis na comunidade científica. A função envolve boas práticas de orquestração de pipelines, participação no ecossistema de código aberto e adoção do Nextflow em computação de alto desempenho e em nuvem.

Pesquisador, mestrando

jun 2022 a jul 2024

Departamento de Genética (dGEN), Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)

Desenvolvimento do AMPidentifier, ferramenta baseada em aprendizado de máquina para identificar peptídeos antimicrobianos em sequências genômicas, com análise de grandes conjuntos de dados e busca por novas moléculas e assinaturas moleculares.

Analista de pesquisa e desenvolvimento

out 2020 a ago 2023

PickCells

Desenvolvimento de aplicações para soluções de IoT que usam visão computacional no reconhecimento de padrões em imagens de interesse clínico, incluindo prototipagem, desenvolvimento e validação de sistemas.

Bolsista de iniciação científica

jan 2020 a mai 2022

Laboratório de Genética e Biotecnologia Vegetal (LGBV), Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)

Pesquisa em bioinformática voltada à caracterização e à otimização de peptídeos antimicrobianos bioinspirados, além da investigação de sequências de eIF4E em espécies de Vigna e do seu papel na defesa vegetal contra patógenos.

Estagiário em patologia clínica

out 2021 a mar 2022

Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH), Hospital das Clínicas da UFPE

Atividades no Laboratório de Análises Clínicas do HC/UFPE: triagem de amostras, hematologia, bioquímica, urinálise, microbiologia, dosagens hormonais e sorologia.

Estagiário de pesquisa, desenvolvimento tecnológico e inovação

abr 2020 a ago 2020

PickCells

Desenvolvimento de soluções para o diagnóstico molecular de SARS-CoV-2.

Bolsista de iniciação científica

nov 2016 a dez 2019

Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)

Atividades em biologia estrutural e química teórica e computacional, com foco em modelagem molecular e engenharia de proteínas para diagnóstico e vacinas, no Departamento de Virologia e Terapia Experimental.

Bolsista de iniciação científica

mai 2015 a dez 2016

Instituto Keizo Asami (iLIKA)

Atividades no setor de biologia molecular em genética humana e bioinformática, com ênfase em genética forense, marcadores de ancestralidade e predição de fenótipo.

03Formação

Doutorado em Bioinformática, em andamento

Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Belo Horizonte, MG

MBA em Engenharia de Software, em andamento

Universidade de São Paulo (USP), São Paulo, SP

Especialização em Ciência de Dados e Analytics, 2026

Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-Rio), Rio de Janeiro, RJ

Mestrado em Genética e Biologia Molecular, ênfase em Bioinformática, 2024

Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Recife, PE

Bacharelado em Biomedicina, ênfase em Patologia Clínica e Bioinformática, 2022

Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Recife, PE

04Certificações

Generative AI2025

Massachusetts Institute of Technology (MIT), Professional Education

Agile Project Management Professional Certificate2025

Atlassian

Career Essentials in Project Management2025

Microsoft

Data-Driven Product Management2025

NASBA

Microsoft Azure AI Essentials: Workloads and Machine Learning2025

Microsoft

Requirements Engineering and Agile Product Management2025

PUC-Rio

The Data Science of Healthcare, Medicine, and Public Health2025

LinkedIn Learning

Advanced Gemini for Developers2024

Google DeepMind

Career Essentials in GitHub Professional Certificate2024

GitHub

Project Management2024

Project Management Institute (PMI)

Python Programming from Basic to Advanced2022

Udemy

Bioinformatics with Python2022

Udemy

05Publicações

The Regulatory Army of Plant Defense: Transcription Factors in the War for Plant Immunity

International Journal of Molecular Sciences · 10.3390/ijms27167315

Unveiling Three Functionally Diverse Isoforms of eIF4E in Cowpea Through a Multi-Omics Approach

Agronomy · 10.3390/agronomy16070766

Transposable elements: Functional aspects and applications as drivers of crop innovation

Crop Science · 10.1002/csc2.70257

Deciphering Cowpea Resistance to Potyvirus: Assessment of eIF4E Gene Mutations and Their Impact on the eIF4E-VPg Protein Interaction

Viruses · 10.3390/v17081050

Omics-driven bioinformatics for plant lectins discovery and functional annotation

International Journal of Biological Macromolecules · 10.1016/j.ijbiomac.2024.135511

Association strength of E6 to E6AP/p53 complex correlates with HPV-mediated oncogenesis risk

Biopolymers · 10.1002/bip.23524

Approaches for Identification and Validation of Antimicrobial Compounds of Plant Origin

Eco-Friendly Biobased Products Used in Microbial Diseases, CRC Press · 10.1201/9781003243700

Títulos e periódicos mantidos no idioma original de publicação.

06Prêmios e distinções

Next Generation Bioinformatician (NGB), X-Meeting 2025
Travel Grant Award, School on Biological Physics and Biomolecular Simulations in the Machine Learning Era, ICTP-SAIFR
Travel Grant Award, AI for Protein Design (AI4PD), The Protein Society
Young Geneticist Award of the Northeast, XXI ENGNE
Honorable Mention, Human and Forensic Genetics, CNPq/UFPE
Honorable Mention, Postgraduate Genetics Journey, UFPE
Best Poster Award, XIII Journey of the Genetics and Molecular Biology Program
Certificate of Excellence in the Peer Reviewing, Elsevier
Highest Admission Score, MSc in Genetics and Molecular Biology, UFPE
Highest Admission Score, PhD in Bioinformatics, UFMG

Prêmios mantidos no idioma original de concessão.

07Docência

Molecular Docking & Dynamics: Breathing Motion into Life's Building Blocks, 2nd Edition2025
Molecular Modeling with Machine Learning Techniques, 2nd Edition2025
Molecular Docking & Dynamics: Breathing Motion into Life's Building Blocks, 1st Edition2025
Molecular Modeling with Machine Learning Techniques, 1st Edition2025
Bioinformatics: A Theoretical-Practical Approach2024
Introduction to Bioinformatics, From DNA to Proteins: Databases, Annotation and Protein Modeling Techniques2022
Human Genetics, Federal University of Pernambuco2017-2018
Molecular Tools Applied to Clinical Diagnosis, Federal University of Pernambuco2017-2018

22 apresentações em congressos, conferências e simpósios. Lista completa no portfólio.

08Competências

Bioinformática

Genômica e transcriptômica, Montagem de genomas, Mineração e anotação genômica, Biologia molecular e estrutural, Modelagem de proteínas e membranas, Desenho de proteínas, Simulações de dinâmica molecular, Desenvolvimento de pipelines

IA, dados e programação

Aprendizado de máquina, Análise e visualização de dados, Engenharia e governança de dados, Git e controle de versão, Python, Bash e Java, MySQL e PostgreSQL, Sistemas Linux e Unix, Docker e conteinerização, Snakemake e Nextflow, Gestão de cargas em HPC

Produto e projetos

Ciclo de vida de produto, Métodos ágeis (Scrum, Kanban), Design centrado no usuário, Construção de roadmap, Indicadores de desempenho (KPIs), Pesquisa de mercado e de usuário, Lean product development, Design thinking

Ferramentas e plataformas

Figma, Miro, Jira, Trello e Azure, Prototipagem e wireframes, Mapeamento de jornada do usuário, Controle de versão e gestão de releases, Google Workspace e Notion, Tableau e Power BI

Colaboração e comunicação

Liderança de times multidisciplinares, Gestão de stakeholders, Comunicação técnica e de negócio, Resolução de problemas complexos, Narrativa com dados

09Contato

LinkedInmadsonaragao
Google ScholarGmHvOYsAAAAJ
ResearchGateMadson-Aragao
AMPidentifierampidentifier.com

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