Estende o design de sequência condicionado à estrutura para todo componente não proteico do sistema: moléculas pequenas, nucleotídeos e metais. Devolve conformações de cadeia lateral junto com as sequências.
Design de sequência que enxerga o que a proteína está segurando. Um resíduo cuja função é agarrar um íon de zinco parece arbitrário para um modelo que não vê o zinco.
Desenhar uma mão sem saber o que ela vai segurar dá uma mão que não agarra nada em particular.
Ele confia na pose que você der. Se o ligante estiver colocado errado na entrada, a sequência será desenhada em torno de um erro sem reclamar.
A recuperação de sequência nativa em resíduos que contatam moléculas pequenas chega a 63,3 por cento, contra 50,5 por cento do ProteinMPNN e 50,4 por cento do Rosetta. Em resíduos que contatam metais, os números são 77,5, 40,6 e 36,0 por cento.
Herda a suposição de que o esqueleto e a pose do ligante fornecidos estão corretos. Erros a montante se propagam em silêncio para a sequência desenhada.
| Repositório | Tamanho | Licença | Observação |
|---|---|---|---|
| dauparas/LigandMPNN | Several noise levels | MIT | — |