A atenção basta para dobrar proteínas.
Cada modelo aqui lê sequências ou geometria, e cada afirmação da página aponta para o artigo ou o cartão do modelo de onde saiu. Escrito para quem encontra essas arquiteturas pela primeira vez, e para quem já leu os artigos e ainda quer ver o diagrama.
AlphaFold 2
Evolução entra, coordenadas saem.
Prevê a estrutura de uma proteína a partir da sequência, de um alinhamento de homólogas e de moldes opcionais.
Ver a arquiteturaAlphaFold 3
Um modelo para o complexo inteiro.
Prevê a estrutura conjunta de complexos com proteínas, ácidos nucleicos, moléculas pequenas, íons e resíduos modificados.
Ver a arquiteturaESM-2
Leia proteínas o bastante e a estrutura cai da leitura.
Um transformer bidirecional treinado para reconstruir aminoácidos mascarados a partir de sequências não alinhadas.
Ver a arquiteturaESMFold
Dobrar sem procurar parentes.
Prevê uma estrutura a partir de uma única sequência, sem busca por alinhamento no momento da consulta.
Ver a arquiteturaESM3
Sequência, estrutura e função como uma predição mascarada só.
Um modelo mascarado generativo sobre três trilhas paralelas.
Ver a arquiteturaProteinMPNN
Dada a forma, quais sequências a sustentam?
Propõe sequências de aminoácidos compatíveis com um esqueleto fornecido.
Ver a arquiteturaRFdiffusion
Tire o ruído até aparecer uma proteína.
Gera esqueletos de proteína a partir de restrições de design, ajustando o RoseTTAFold para remover ruído de posições e orientações de resíduos.
Ver a arquiteturaESM C
A linha de representação, levada mais longe.
Um codificador transformer com pre-layer-norm, embeddings rotativos e ativações SwiGLU, treinado em sequências do UniRef, do MGnify e do Joint Genome Institute agrupadas a 70 por cento de identidade.
Ler a entradaESMFold2
Um codificador de linguagem com decodificador de difusão de todos os átomos.
Prevê estruturas de todos os átomos de proteínas e seus complexos a partir das representações do ESM C, com alinhamento opcional para alvos difíceis.
Ler a entradaLigandMPNN
Design de sequência que enxerga o ligante.
Estende o design de sequência condicionado à estrutura para todo componente não proteico do sistema: moléculas pequenas, nucleotídeos e metais.
Ler a entradaRFdiffusion2
Enzimas a partir de uma geometria, não de uma numeração de resíduos.
Desenha suportes diretamente a partir da geometria dos grupos funcionais catalíticos, sem especificar quais posições da sequência esses resíduos ocupam e sem geração de rotâmeros inversos..
Ler a entradaProtT5 and ProtBERT
Os codificadores que chegaram antes.
Uma família de transformers treinados em UniRef e BFD com os objetivos de seus equivalentes em texto.
Ler a entradaSaProt
Um token para o resíduo e sua forma local.
Um modelo de linguagem mascarado sobre um vocabulário com ciência de estrutura.
Ler a entradaAlphaMissense
Pontuação com ciência de estrutura para trocas de um aminoácido.
Classifica variantes missense como provavelmente benignas ou provavelmente patogênicas em todo o proteoma, adaptando um modelo derivado do AlphaFold com dados de frequência populacional em vez de rótulos clínicos..
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