Prevê a estrutura conjunta de complexos com proteínas, ácidos nucleicos, moléculas pequenas, íons e resíduos modificados. Um Pairformer raciocina sobre tokens e pares, e um módulo de difusão gera as coordenadas atômicas.
O mesmo trabalho do AlphaFold 2, estendido a tudo que fica ao lado de uma proteína: DNA, RNA, uma molécula de fármaco, um íon metálico. Ele escreve a montagem inteira de uma vez, em vez de prever a proteína e docar o resto depois.
O AlphaFold 2 desenhou o prédio. O AlphaFold 3 desenha o prédio já com os móveis dentro, e esboça o mesmo cômodo várias vezes para você ver a qual arranjo ele volta.
Como o decodificador gera em vez de medir, ele consegue desenhar uma pose caprichada para um ligante que na verdade não liga. A ordenação por confiança existe por isso e deve ser lida, não pulada.
git clone https://github.com/bytedance/Protenix
cd Protenix && pip install -e .
# One YAML per job: chains, ligands, and what to sample.
protenix predict --input examples/example.json --out_dir ./output --seeds 101Estes trechos não foram executados aqui. Versões mudam: confira o cartão do modelo antes de confiar em qualquer linha.
Relata precisão acima de ferramentas especializadas de docagem para interações entre proteína e ligante, acima de preditores específicos de ácidos nucleicos, e acima do AlphaFold-Multimer 2.3 para pares de anticorpo e antígeno, tudo num arcabouço só.
Um decodificador generativo pode produzir geometria plausível para regiões que não têm nenhuma, e é por isso que a ordenação por confiança faz parte do método. Reimplementações abertas existem porque os pesos originais não são livremente redistribuíveis.
| Repositório | Tamanho | Licença | Observação |
|---|---|---|---|
| bytedance/Protenix | 368M in Protenix-v1 | Open source | Independent reimplementation of the AlphaFold3 approach |
| boltzgen/boltzgen-1 | Open weights | MIT | Related open all-atom generative model |
Evolução entra, coordenadas saem.
Prevê a estrutura de uma proteína a partir da sequência, de um alinhamento de homólogas e de moldes opcionais.
Ver a arquitetura Predição de estrutura2023Dobrar sem procurar parentes.
Prevê uma estrutura a partir de uma única sequência, sem busca por alinhamento no momento da consulta.
Ver a arquitetura Predição de estrutura2026Um codificador de linguagem com decodificador de difusão de todos os átomos.
Prevê estruturas de todos os átomos de proteínas e seus complexos a partir das representações do ESM C, com alinhamento opcional para alvos difíceis.
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