Decisões de projeto

Cada decisão abaixo existe por uma restrição concreta do PyMOL ou dos formatos de simulação, não por preferência.

Seleções por critério químico, não por nome de átomo

A nomenclatura de átomos varia entre CHARMM, Berger, Slipids e Martini; a topologia não varia. As camadas de um lipídeo são definidas por elemento e conectividade, e o módulo cai para nomes Martini apenas quando detecta um sistema coarse-grained pela razão átomos por resíduo.

Objetos, não seleções

Seleção serve para aplicar comandos; objeto tem ponto de enable próprio no painel lateral. A divisão em objetos é o que permite mostrar e ocultar componentes com um clique, sem redigitar nada.

Nível de isosuperfície derivado do histograma

Um nível fixo falha em silêncio quando a resolução gaussiana muda: o isosurface não gera triângulo nenhum, e objeto vazio não é registrado pelo PyMOL. O nível de preset_memb5 sai do histograma do mapa recém-criado.

Fatores B preservados

Colorir por hidrofobicidade exige escrever na coluna B, já que o PyMOL não tem campo genérico por átomo para gradiente contínuo. Os valores originais são salvos no split, e prot_restore_b os devolve.

Um material, vários níveis

Oclusão ambiente e sombra projetada competem pelo mesmo orçamento de luz. Subir uma sem baixar a outra produz uma cena lavada, então os comandos de ajuste alteram vários parâmetros em conjunto em vez de expor cada um isoladamente.