Referência dos presets

Cada preset é uma combinação de representações, escolhida para responder a um tipo de pergunta. Nenhum é melhor que os outros em abstrato: o critério é o que a figura precisa comunicar.

Para a sequência de comandos, ver passo-a-passo.md.

Membranas

Comando	Lipídeo	Íons	Água	Responde a
preset_memb1	esferas com folga (0.55), cor por camada química	esferas opacas médias	superfície translúcida	leitura geral, organização em camadas
preset_memb2	spacefill em raio de van der Waals, cor por folheto	spacefill em raio real	superfície muito translúcida	volume ocupado, barreira
preset_memb3	licorice com cabeças em esfera	núcleo opaco com casca de solvatação	esferas translúcidas	interação íon com cabeça polar
preset_memb4	superfície translúcida com licorice interno	esfera com malha de raio inflado	desligada	peptídeo inserido
preset_memb5	caudas como isosuperfície contínua, cabeças em esfera	esferas opacas grandes	campo gaussiano	ilustração, sistema grande
preset_memb6	linhas, cor por espécie	pontos	desligada	navegação, não figura
preset_memb7	fatia central em spacefill, cor por camada	esferas, só as da fatia	desligada	o interior da bicamada, corte transversal
preset_memb8	os que tocam a proteína em licorice, o resto fantasma	esferas pequenas	desligada	lipídeos anelares, contato proteína-lipídeo
preset_memb9	uma superfície translúcida por folheto, fosfatos em esfera	esferas médias	desligada	assimetria e espessura dos folhetos
preset_memb10	caudas escuras em isosuperfície, cabeças claras em esfera	desligados	desligada	redução para uma coluna, impressão em P&B

preset_memb4 e preset_memb6 desligam a água deliberadamente: no primeiro porque a superfície do solvente esconderia o peptídeo inserido, no segundo porque ele existe para navegar rápido.

preset_memb5 é ao mesmo tempo o mais leve e o mais próximo da estética de ilustração científica, por trocar milhares de átomos de cauda por uma única isosuperfície. O nível dessa isosuperfície é derivado do histograma do mapa, não fixo: um valor fixo falha em silêncio quando a resolução gaussiana muda.

Argumentos

Todo preset aceita paper, a largura de coluna em milímetros. Sem ele o preset só define representação e cor, e a iluminação fica como estava: é o modo de explorar na tela, com mv_paper depois se a figura for adiante. Com ele a cena já sai pronta para impressão numa linha só.

preset_memb5
preset_memb5 paper=85
preset_memb5 paper=170

preset_memb7 aceita eixo, 0 para x, 1 para y (padrão) e 2 para z. O corte é uma seleção por coordenada e não o plano de recorte da câmera, então girar a cena depois não muda o que está exposto.

preset_memb8 aceita o raio de contato em angstrom, padrão 5.0, e precisa de proteína na sessão. preset_memb9 precisa de fosfatos para achar o plano médio.

Cor

memb_color moiety | leaflet | type | depth

• moiety: cabeça, fosfato, glicerol, cauda
• leaflet: folheto superior e inferior
• type: uma cor por espécie lipídica, para membranas mistas
• depth: gradiente contínuo na normal, para inspecionar interdigitação

Água

memb_water off | surface | spheres | field

surface infla o raio dos oxigênios e desenha a superfície molecular. É mais previsível que field, que usa mapa gaussiano e exige calibrar o nível.

Proteínas e peptídeos

Comando	Proteína	Responde a
preset_prot1	cartoon, hélice azul, folha vermelha, alça branca	topologia de domínio
preset_prot2	cartoon com superfície translúcida por fora	sítio de ligação
preset_prot3	superfície sólida, gradiente Kyte-Doolittle	face de interação, anfipaticidade
preset_prot4	spacefill, cor por cadeia	arquitetura de complexo
preset_prot5	putty, espessura e cor pelo fator B	flexibilidade
preset_prot6	all-atom licorice, cor por carga	peptídeos
preset_prot7	cartoon com camada de solvatação e íons próximos	caixa de MD
preset_prot8	superfície por carga dentro do volume de solvente	ilustrar o sistema simulado
preset_prot9	superfície, campo de solvente e as doze arestas da caixa	dimensões da caixa, proporção soluto/solvente
preset_prot10	cartoon translúcido, cadeias laterais de contato em licorice opaco	onde duas cadeias, ou proteína e ligante, se tocam

prot_auto escolhe entre preset_prot1 e preset_prot6 pelo número de resíduos, com corte em 60.

preset_prot7 aceita o raio da camada, padrão 4.0.

preset_prot10 aceita o raio de contato (padrão 4.5) e, opcionalmente, o par de cadeias: preset_prot10 cadeias=A C. Com mais de duas cadeias ele mostra o par de maior contato e esconde o resto, porque um tetrâmero junta três interfaces diferentes numa figura só e nenhuma delas se lê.

Superfície é a representação errada para esta pergunta. Uma superfície fechada esconde justamente a área de contato, que fica entre as duas partes, e translúcida ela vira uma massa onde nada se distingue. Cartoon deixa ver através, e licorice mostra a cadeia lateral, que é onde a interação acontece. O carbono dos contatos leva a cor da classe do resíduo e o resto vai por elemento, que é o que deixa ler doador e aceptor de ligação de hidrogênio na própria figura.

preset_prot9 desenha a caixa a partir do extent do que está carregado, e não de um registro CRYST1, que frame de dinâmica molecular costuma não ter. As dimensões vão para o log, prontas para a legenda.

preset_prot7 e preset_prot8 respondem a perguntas diferentes: o primeiro analisa a proteína no contexto do solvente, o segundo ilustra o sistema como um todo. O segundo não serve para analisar a proteína, porque o volume de solvente a cobre por construção.

Cor

prot_color ss | chain | charge | hydro | bfactor | rainbow

• ss: estrutura secundária
• chain: uma cor por cadeia
• charge: básicos azul, ácidos vermelho, polares claros, apolares amarelo
• hydro: gradiente Kyte-Doolittle, sobrescreve a coluna B
• bfactor: fator B como está no arquivo
• rainbow: gradiente do N para o C terminal

Solvente e íons

prot_water off | shell | spheres | surface | field
prot_ions  off | spheres | vdw | halo | mesh | shell

O modo shell é o padrão e não existe no módulo de membranas: exibe apenas água ou íons dentro de um raio da proteína. Numa caixa de MD típica o solvente de bulk passa de 90% dos átomos e esconde o soluto, enquanto a primeira camada de solvatação costuma ser o objeto de interesse.

A seleção de água usa byres, para não exibir meia molécula quando apenas o oxigênio cai dentro do raio.

Iluminação, material e saída

Comandos com prefixo mv_, compartilhados pelos dois módulos.

mv_material
mv_ao        off | soft | medium | strong | extreme
mv_shadows   off | soft | medium | hard
mv_realism   studio | depth | dramatic | flat
mv_desaturate 0.18
mv_paper     85
mv_grayscale 1
mv_extent    obj_lipid
mv_render    figura.png, 2000, 1500, 300
mv_reload

mv_reload reimporta o pacote a partir do disco. Rodar vitral.pml de novo não faz isso: o import encontra o pacote já em sys.modules e devolve o que está na memória, então a edição parece não ter efeito.

A oclusão ambiente fica ligada em todos os presets, menos no preset_memb6, que a desliga para a navegação continuar fluida. ambient_occlusion_scale é a distância de amostragem em angstrom, e o padrão 25 do PyMOL é calibrado para esfera: numa superfície molecular de proteína as cavidades são mais largas que isso, ficam totalmente ocluídas e saem pretas. Os níveis aqui amostram entre 8 e 22. Ela não alcança cartoon: o PyMOL a assa na geometria de esfera e de superfície, então um preset baseado em cartoon não carrega relevo de contato nenhum. Para figura com relevo, os caminhos são superfície (preset_prot3, preset_prot9) ou esferas (preset_memb1, preset_memb7).

mv_grayscale reescreve cada cor nomeada em uso para a luminância dela, pela recomendação BT.601, e devolve as originais na saída. O PyMOL não tem ajuste de escala de cinza, então um gradiente aplicado por spectrum continua colorido e o log diz quantas cores ficaram de fora.

Cada nível ajusta vários parâmetros em conjunto, não um isolado:

A oclusão ambiente modula o termo ambiente. Com ambient baixo ela está ligada mas não aparece. Por isso os níveis sobem ambient e baixam direct ao mesmo tempo.

As sombras exigem o oposto: luz direta forte. Os dois competem pelo mesmo orçamento de luz, e soft e medium são os pontos em que convivem.

A maciez da sombra custa tempo. O PyMOL não tem raio de fonte de luz: a penumbra vem de várias luzes projetando sombras sobrepostas. soft usa seis luzes e demora mais que hard, que usa uma.

A ordem importa. mv_realism sobrescreve mv_shadows, que sobrescreve mv_ao. Aplique do mais geral para o mais específico.

Figura de periódico

mv_paper difere de mv_realism em três pontos deliberados: desliga a sombra projetada, que vira ruído em figura reduzida; usa projeção ortográfica, porque perspectiva faz um folheto plano parecer curvo e isso é desonesto numa figura quantitativa; e restaura a paleta saturada, porque cor saturada separa melhor as camadas quando a figura cai para a largura de uma coluna.

Ele imprime no log a resolução alvo em pixels e a linha de render pronta.

O teste em escala de cinza não é opcional. Cores de luminância próxima, como o verde das cabeças contra o laranja das caudas ou o azul das hélices contra o vermelho das folhas, podem colapsar no mesmo tom. Se ocorrer, diferencie por claridade, não apenas por matiz.